Opsporing verzocht

1 februari 2013

Onbekende virussen zijn de specialiteit van Lia van der Hoek en haar groep. Ze ontwikkelde een methode die nog niet eerder ontdekte exemplaren kan opsporen. Promovendus Michel de Vries verbeterde de techniek en vond een nieuw parechovirus: virusdetectie op het scherpst van de snede.

Bij vijf tot dertig procent van de kinderen die met een luchtweginfectie in het ziekenhuis belanden, vinden de standaardtests geen ziekteverwekker. Er kunnen dan twee dingen aan de hand zijn, vertelt viroloog Lia van der Hoek. Het gaat om een ongewone ziekteverwekker – bij routinetests moet je een idee hebben om welk virus het zou kunnen gaan, zodat je gericht kunt zoeken – of er is sprake van een nieuw virus.
In 2004 ontwikkelde Van der Hoek VIDISCA, een methode die virussen op een andere manier opspoort dan gebruikelijk. Er wordt niet naar een ‘verdachte’ gezocht op basis van een signalement, maar er wordt gelet op verdacht materiaal: stukken DNA en RNA die de aanwezigheid van een virus verraden. Door de gevonden DNA-reeksen te vergelijken met die in een wereldwijde database, kun je zien of je een nieuw exemplaar te pakken hebt. Van der Hoek ontdekte er een tot dan toe onbekend coronavirus mee, dat de naam NL63 kreeg. Coronavirussen veroorzaken ziekten aan de luchtwegen, zoals verkoudheid, maar ook de ernstige longinfectie SARS (die in 2003 plots de kop opstak in China).
VIDISCA had echter zijn beperkingen. In kweekjes uit de neus, slijm en urine zit ontzettend veel DNA van de patiënt zelf. Het lukte met deze methode niet om dit mensen-DNA te onderscheiden van virusmateriaal. Voor zijn proefschrift werkte promovendus Michel de Vries aan de verbetering van VIDISCA. ‘Sinds een jaar of vier kunnen we DNA-codes veel makkelijker bepalen via next generation sequencing (NGS). We kunnen er duizenden verwerken in een fractie van de tijd die je eerst daarvoor nodig had.’ Door middel van NGS kunnen de onderzoekers het DNA van het virus flink vermenigvuldigen, zodat het wél opvalt tussen al dat DNA van de patiënt. Vervolgens worden die reeksen razendsnel afgelezen.
Het resultaat: een gevoeligere methode voor het opsporen van virussen. De Vries: ‘Eerst kon VIDISCA alleen iets vinden in materiaal dat op kweek was gezet. Maar niet alle virussen kunnen gekweekt worden, dus dit is een hele verbetering.’ Van der Hoek stelt het iets scherper: ‘De nog onbekende virussen zijn per definitie niet te kweken, anders waren ze inmiddels gevonden.’
Nu de methode vele malen gevoeliger is geworden, duiken er vaker ziekteverwekkers op die de onderzoekers voorheen niet tegenkwamen. De Vries testte met VIDISCA kweekjes van de Amsterdamse GGD die niet te typeren waren. Hij vond het parechovirus 5, dat zeldzaam is in Nederland, en parechovirus 6, een nog niet eerder beschreven familielid. De parechovirussen, die onder meer met verkoudheid en hersenvliesontsteking in verband worden gebracht, behoren tot een vrij ‘recent’ ontdekte groep. Inmiddels zijn er wereldwijd 16 soorten bekend.
Van der Hoek: ‘We gebruiken de techniek vooral om nieuwe virussen op te sporen. Nu VIDISCA zo goed blijkt, kunnen we er ook mee naar de kliniek.’ Niet voor standaard diagnostiek, daarvoor laat de uitslag te lang op zich wachten. Maar wel als hulpmiddel voor de arts die bij een patiënt een virusinfectie vermoedt waarbij de usual suspects het niet blijken te zijn. ‘Wellicht is het een nieuw virus, of eentje die je niet verwachtte. VIDISCA vindt dingen waar niemand aan zou denken.’

Irene van Elzakker

Deel dit |

Contact


Telefoonnummer:
020 - 566 2421

E-mailadres
:
magazine