De Apotheek van locatie AMC is onderverdeeld in een klinische- en poliklinische apotheek. De Klinische Apotheek verstrekt geneesmiddelen aan patiënten die in het locatie AMC van het ziekenhuis zijn opgenomen, terwijl de Poliklinische Apotheek levert aan AMC-patiënten die niet opgenomen zijn in het ziekenhuis.