De afdeling doet fundamenteel en toegepast onderzoek binnen zeven onderzoekslijnen.
Het wetenschappelijk onderzoek is ondergebracht bij de onderzoeksinstituten Amsterdam Public health (APH), Cancer Center Amsterdam (CCA) en Amsterdam Neuroscience (ANS). Daarnaast wordt in het onderzoek nauw samengewerkt met verschillende medisch specialismen. De afdeling kent vijf onderzoekslijnen.