Project Examples

Provided here are examples of a student project (± 5 months) and a Master project (± 8 months).

Stage project (± 5 maanden): Dissectie van apoptotische routes in lymfocyten (in Dutch)

Binnen de groep Experimentele Immunologie bestuderen wij gereguleerde celdood oftewel apoptose in B- en T-lymfocyten, en in hoeverre deze processen verstoord kunnen raken in pathologische omstandigheden. Centraal in apoptose is de balans tussen pro- en anti-apoptotische regulatoren van de Bcl2-familie. Verstoring van deze balans triggert release van cytochroom C vanuit de mitochondriën naar het cytoplasma. Dit leidt tot activatie van intracellulaire proteases (zgn. caspases) die op hun beurt zorgen voor de uiteindelijke destructie van de cel.

Teneinde expressie van de vele apoptose regulatoren in kaart te brengen gebruiken we een door ons ontwikkelde profilerings-techniek. Het blijkt dat verschillende stimuli die een rol spelen in immuunactivatie leiden tot sterke opregulatie van specifieke leden van de Bcl-2 familie. Tijdens deze stage zal de recent ontwikkelde RNAi techniek gebruikt worden om de expressie hiervan te onderdrukken (‘knock-down’) en zo hun functie in het apoptose proces te onderzoeken. RNAi-constructen gericht tegen een Bcl2-familielid zullen gemaakt worden en getransfecteerd naar modelcellen om de effectiviteit te testen. Een volgende stap is onderdrukking van het endogene eiwit in primaire lymfocyten. Afhankelijk van de stand van zaken zal de stage een afgerond onderdeel vormen in het traject van gen-identificatie tot functionele studies.

Gebruikte technieken (afhankelijk van uiteindelijk werkplan): celkweek (celscheidingen, stimulaties, apoptose inductie, FACS-analyse, DNA-transfectie); eiwit-biochemie (gefractioneerde cellysis, SDS-PAGE, Western blots); DNA technieken (kloneringen, (RT)-PCR, expression profiling via MLPA); microscopie (analyse van RNAi experimenten, immuunfluorescentie)

Stage project (± 5 months): Expression and function of apoptosis regulators in lymphocytes (in English)

We study regulated cell death – or apoptosis – in normal and pathological B- and T-lymphocyte development. Central in apoptosis is the balance between pro- and anti-apoptotic members of the Bcl-2 family. Tripping this balance leads to release of cytochrome C from mitochondria, and subsequently to activation of intracellular proteases called caspases, which eventually destroy the cell. We use a novel method of gene profiling to monitor the expression of 34 direct regulators of apoptosis. Certain stimuli during lymphocyte development cause strong upregulation of specific members of the Bcl-2 family. We will manipulate expression of one of these genes by the new method of RNA-interference (‘knock-down’). This will be done in first instance in model cell lines and then in primary lymphocytes. The student’s project will be a defined part in the path from gene-identification to functional studies.

Methods (depending on the actual workplan): cell culture (lymphocyte purification, stimulation, apoptosis induction, FACS analysis, DNA transfection); biochemistry (fractionated cellysis, SDS-PAGE, Western blots); DNA techniques (RNA isolation, cloning, (RT-)PCR, gene profiling via MLPA); fluorescence microscopy

Master stage project for (8 months): De rol van pro-apoptotisch Noxa in immuunactivatie (in Dutch)

Inleiding. Binnen de afdeling Experimentele Immunologie bestuderen wij gereguleerde celdood oftewel apoptose in B- en T-lymfocyten, en in hoeverre deze processen verstoord kunnen raken in pathologische omstandigheden. Centraal in apoptose is de balans tussen pro- en anti-apoptotische regulatoren van de Bcl2-familie. Verstoring van deze balans leidt tot vrijkomen van cytochroom C vanuit het mitochondrion. In het cytoplasma wordt cyt C een co-factor voor activatie van intracellulaire proteases (zgn. caspases) die op hun beurt zorgen voor de uiteindelijke destructie van de cel.

Teneinde expressie van de vele apoptose regulatoren in kaart te brengen gebruiken we een door ons ontwikkelde genprofilerings-techniek. Hierbij bleek dat immuunactivatie van naïve T-lymfocyten leidt tot sterke opregulatie van specifieke leden van de Bcl-2 familie. Met name de snelle inductie van het pro-apoptotische Noxa na stimulatie van de T cel receptor is interessant. Deze bevinding toont ten eerste aan dat in humane lymfocyten Noxa regulatie anders verloopt dan tot nu werd verondersteld, en ten tweede dat al zeer vroeg na activatie lymfocyten blijkbaar niet alleen anti- maar ook pro-apoptotische maatregelen nemen.

Doel van de stage is een bijdrage te leveren in onderzoek naar de regulatie en functie van Noxa in immuunactivatie. De recent ontwikkelde RNAi techniek zal gebruikt worden om de expressie van Noxa te onderdrukken (‘knock-down’) en zo de functie in het apoptose proces te onderzoeken. RNAi-constructen gericht tegen Noxa zijn aanwezig en getest in een modelsysteem. Een volgende stap is onderdrukking van het endogene eiwit in primaire lymfocyten, via retrovirale RNAi vectoren. Indien vergelijkende proeven in de humane Jurkat T cellijn uitwijzen dat regulatie en functie van Noxa op analoge wijze verloopt zal dit modelsysteem mede worden toegepast.

Gebruikte technieken (afhankelijk van gedetailleerd werkplan): celkweek (celscheidingen, stimulaties, apoptose inductie, FACS-analyse, DNA transfectie), eiwit-biochemie: (gefractioneerde cellysis, SDS-PAGE, Western blots), DNA technieken (kloneringen, (RT)-PCR, expression profiling via MLPA), virusproductie (klonering, productie van virus partikels, transductie van lymfocyten), microscopie (analyse van RNAi experimenten, immuunfluorescentie)

Voorlopig werkplan (uitgaande van 46 EC punten, equivalent aan 32 weken): week 1-4 literatuur oriëntatie, celkweken, FACS analyse; week 5-12 analyse van Noxa regulatie en RNAi in primaire lymfocyten en Jurkat T cellijn; week 13 tussentijdse evaluatie en bepalen resterend werkplan; week 14-28 interacties tussen Noxa en overige Bcl-2 familieleden, in combinatie met apoptose gevoeligheid, en eventueel constructie en toepassen van nieuwe RNAi constructen; week 29-32.2 schrijven verslag, presentatie voor afdeling en beoordeling

Corona-maatregelen

We zetten ons in om ons ziekenhuis veilig te houden tijdens de coronacrisis.

Lees deze extra maatregelen goed door voordat u een van onze locaties bezoekt: