Moleculaire Technieken (MT)
Diagnostiek
De moleculaire diagnostiek van infectieziekten legt zich voornamelijk toe op het detecteren van micro-organismen met behulp van technieken die specifieke stukjes DNA of RNA vermenigvuldigen, zoals Real-Time PCR. Dit maakt het mogelijk om op een snelle, gevoelige en betrouwbare manier ziekteverwekkers aan te tonen. Resultaten zijn meestal binnen een werkdag bekend. Voor een aantal pathogenen waarvoor een sneller resultaat belangrijk is, zoals MRSA en SARS-CoV-2, gebruiken we methoden die binnen 30-60 minuten na binnenkomst van het sample een uitslag kunnen geven.
Naast het aantonen van ziekteverwekkers worden moleculaire technieken ook gebruikt om de gevoeligheid voor antibiotica of antivirale middelen te bepalen door te kijken naar de aan- of afwezigheid van genetische veranderingen die geassocieerd zijn met resistentie. Voorbeelden hiervan zijn HIV resistentiebepalingen en het aantonen van bacteriële carbapenemases.
Moleculaire typeringen
MT - Contact
Eventuele verspreiding van een micro-organisme in ons ziekenhuis dient tijdig herkend te worden zodat onze afdeling Infectiepreventie zo snel mogelijk actie kan ondernemen om erger te voorkomen. Hiervoor is het noodzakelijk om snel inzicht te krijgen in hoeverre er daadwerkelijk overdracht van ziekteverwekkers binnen het ziekenhuis plaatsvindt. Dit wordt onderzocht met behulp van moleculaire typeringstechnieken (‘fingerprinting’), waarbij wordt gekeken in hoeverre het genetisch materiaal van de ziekteverwekkers identiek zijn. Dit wordt in toenemende mate gedaan met behulp van ‘whole genome sequencing’ waarbij het hele genoom van micro-organismen in kaart wordt gebracht.
Microbiota onderzoek
Een verzameling micro-organismen, zoals bacteriën, virussen en schimmels, op of in een bepaalde plaats op het lichaam noemen we microbiota. De bacteriën die in deze microbiota aanwezig zijn, zijn noodzakelijk voor het goed functioneren van ons lichaam. De samenstelling van de microbiota wisselt per lichaamslocatie en per persoon. Binnen onze afdeling kijken we voornamelijk naar de vaginale microbiota in relatie tot SOA’s en vroeggeboorte.
Opleiding
Om moleculaire diagnostiek zo goed mogelijk te kunnen verrichten is het noodzakelijk dat er deskundigen op het gebied van de moleculaire diagnostiek van infectieziekten worden opgeleid. Hiertoe biedt de afdeling de twee-jarige opleiding tot medisch moleculair microbioloogg (MMM) aan. De opleider is dr. R. van Houdt.
MT - Stafleden
Publicaties
- Serologic Surveillance and Phylogenetic Analysis of SARS-CoV-2 Infection in Hospital Health Care Workers. JJ. Sikkens, DTP Buis, EJG Peters, M Dekker, M Schinkel, TDY Reijnders, AR Schuurman, J de Brabander, AHA Lavell, JJ Maas, J Koopsen, AX Han, CA Russell, J Schinkel, M Jonges, SPF Matamoros, S Jurriaans, R van Mansfeld, WJ Wiersinga, YM Smulders, MD de Jong, MK Bomers. doi: https://doi.org/10.1101/2021.01.10.21249440
- Amplified fragment length polymorphism and whole genome sequencing: a comparison of methods in the investigation of a nosocomial outbreak with vancomycin resistant enterococci. Janes VA, Notermans DW, Spijkerman IJB, Visser CE, Jakobs ME, Van Houdt R, Willems RJL, de Jong MD, Schultsz C, Matamoros S. Antimicrob Resist Infect Control. 2019;8:153.
- Accuracy of a commercial multiplex PCR for the diagnosis of bacterial vaginosis. Van der Veer C, Van Houdt R, van Dam A, de Vries H, Bruisten S. J Med Microbiol. 2018;67(9):1265-1270.
- Easy and Accurate Reconstruction of Whole HIV Genomes from Short-Read Sequence Data. Wymant C, Blanquart F, Gall A, Bakker M, Bezemer D, Croucher NJ, Golubchik T, Hall M, Hillebregt M, Ong SH, Albert J, Bannert N, Fellay J, Fransen K, Gourlay A, Grabowski MK, Gunsenheimer-Bartmeyer B, Günthard HF, Kivelä P, Kouyos R, Laeyendecker O, Liitsola K, Meyer L, Porter K, Ristola M, van Sighem A, Vanham G, Berkhout B, Cornelissen M, Kellam P, Reiss P, Fraser C. Virus Evolution: 2018;4(1):vey007.
- The Cervicovaginal Microbiota in Women Notified for Chlamydia trachomatis Infection: A Case-Control Study at the Sexually Transmitted Infection Outpatient Clinic in Amsterdam, The Netherlands. Van der Veer C, Bruisten SM, van der Helm JJ, de Vries HJ, van Houdt R. Clin Infect Dis. 2017;64(1):24-31.
- Acquisition of wild-type HIV-1 infection in a patient on pre-exposure prophylaxis with high intracellular concentrations of tenofovir diphosphate: a case report. Hoornenborg E, Prins M, Achterbergh RCA, Woittiez LR, Cornelissen M, Jurriaans S, Kootstra NA, Anderson PL, Reiss P, de Vries HJC, Prins JM, de Bree GJ; Amsterdam PrEP Project team in the HIV Transmission Elimination AMsterdam Consortium (H-TEAM). Lancet HIV. 2017;4(11):e522-e528.
- Viral genetic variation accounts for a third of variability in HIV-1 set-point viral load in Europe. Blanquart F, Wynant C, Cornelissen M, Gall A, Bakker M, Bezemer D, Hall M, Hillebregt M, Hoe Ong S, Albert J, Bannert N, Fellay J, Fransen K, Gourlay A, Grabowski MK, Gunsenheimer-Bartmeyer B, Günthard HF, Kivelä P, Kouyos R, Laeyendecker O, Liitsola K, Meyer L, Porter K, Ristola M, van Sighem A, Vanham G, Berkhout B, Kellam P, Reiss P, Fraser C, on behalf of the BEEHIVE collaboration. Plos Biology 2017;15 (6):e20001855.